En el año 2011, un terrible virus ha acabado con toda la humanidad, excepto con Bregna, una ciudad controlada por cámaras de seguridad y liderada por un grupo de científicos. En 2415, un autoritario presidente gobierna el lugar y ha surgido un grupo de rebeldes en su contra. Se trata de los Monicanos, y la bella Aeon Flux es uno de ellos.