La obsesión de Nobita por conseguir un escarabajo capaz de vencer a Gigante hace que convenza a Doraemon para que use el Agujero del Tiempo, una máquina que, tras llevarlos a la Nueva Zelanda de hace 500 años, les impulsa a hacer un viaje a la isla milagrosa de Belegamón, un lugar muy especial donde se conservan especies de animales extinguidas.