Joe Armstrong, el único ninja estadounidense, y su compañero y entrenador, Curtis Jackson, son enviados a una isla del Caribe en la que han desaprecido misteriosamente un gran número de marines norteamericanos. Una vez allí, y ayudados por la hija de un científico que también ha sido secuestrado, descubren que el responsable es un gran traficante de drogas que pretende crear un ejército de ninjas perfectos mediante la ingeniería genética.