El detective Shigeta investiga desapariciones misteriosas de personas y persigue a una extraña secta que busca un pequeño orbe negro. Mientras tanto, Kei Kurono continúa su aventura matando a alienígenas para lograr alcanzar la puntuación máxima, a la vez que se dedica a cuidar del hermano de Kato. Pero pronto algo cambia: Gantz empieza a actuar de forma extraña, y las normas que rigen la batalla entre humanos y extraterrestres saltan por los aires. Una guerra abierta ha empezado y el objetivo de ambas partes es la peor pesadilla que Kei Kurono podría haber imaginado.