El profesor Jones regresa a casa y el decano de la universidad le dice que el gobierno, suspicaz por las actuaciones de Jones, le presiona para que le despida. Pero Indiana conoce a Mutt, un joven que le propone realizar uno de los descubrimientos más espectaculares de la historia: la calavera de cristal de Akator, un objeto legendario que despierta fascinación, superstición y miedo. Indy y Mutt viajan al rincón más perdido de Perú y no tardan en descubrir que no están solos. Los agentes soviéticos dirigidos por la fría, calculadora y letalmente bella Irina Spalko quieren apoderarse del tesoro, convencidos de que los soviéticos dominarán el mundo si consiguen descifrar su secreto.