El Yo-kai Watch ha desaparecido. Desesperados por recuperarlo, Nathan y sus amigos siguen una pista que les conduce a un lugar inesperado: el pasado. Una noche, mientras Nathan duerme, su Yo-kai Watch se ilumina de repente y desaparece de su muñeca. Y, por si fuera poco, aparece un Yo-kai gato gigante llamado Dekanyan que le pide ayuda para salvar a sus amigos. Así pues, Nathan viaja al pueblo de Kemamoto, donde vive su abuela, en busca de pistas que le ayuden a aclarar la situación. Allí tiene la oportunidad de conocer al Yo-kai Fuyunyan.