Acusados falsamente de un atentado con bombas contra el Kremlin, el agente de la Impossible Mission Force Ethan Hunt y todo su equipo son desautorizados, junto con el resto de la organización. El presidente ha iniciado el Protocolo Fantasma y ha borrado virtualmente del mapa a la organización. Abandonado a su suerte y sin apoyos, el equipo debe encontrar por su cuenta la forma de limpiar su nombre e impedir un nuevo ataque. Para complicar aún más las cosas, Ethan se ve obligado a embarcarse en esta misión junto a un equipo de compañeros fugitivos de la IMF cuyos motivos personales no conoce bien y que no le parecen del todo claros.