Como consecuencia de la explosión, las comunicaciones quedaron fuera de servicio y, sin que se supiese aún cuál era la amenaza, el comandante Lippold y su tripulación aseguraron el buque y alertaron a las embarcaciones que se acercaban. El comedor, donde se había reunido un buen número de marineros, resultó completamente destruido. Mientras las labores de rescate estadounidenses se retrasaban a causa de problemas diplomáticos, fuerzas británicas y francesas se aprestaron a intervenir: el HMS Marlborough entró en el puerto sin autorización y aviones franceses evacuaron a los heridos a Yibuti. Los agentes del FBI y del NCIS, que tuvieron que enfrentarse a la resistencia de las fuerzas yemeníes, iniciaron una tensa investigación. Las pruebas relacionaron el atentado con Al Qaeda y Osama bin Laden, y salió a relucir que se trataba de una nueva tentativa de un complot fallido en 1999 contra el USS Sullivan. Se recuperaron diecisiete cadáveres, que fueron honrados a bordo del propio USS Cole. Lippold permaneció en el barco hasta su recuperación, simbolizando la unidad y la resistencia. El escenario estaba listo para la represalia.